Programme Cartes d'identité des tumeurs
Cartes d'identité des tumeurs (CIT) est un programme initié en 2000 et financé par la Ligue nationale contre le cancer, dans le but de caractériser de multiples types de tumeurs grâce à l'analyse pangénomique de l'expression des gènes couplée à celle des altérations chromosomiques, via l'utilisation de biotechnologies à haut-débit / biopuces.
Vers une médecine personnalisée
Ce programme de médecine personnalisée doit permettre à terme pour chaque patient :
- de préciser le diagnostic ;
- de prédire la réponse aux traitements et l'évolution de la pathologie ;
- d'améliorer le suivi pendant et après traitement.
Un ensemble de processus et de technologies standardisés
Curation et standardisation des annotations cliniques et biologiques
Les informations relatives aux patients sont anonymisées et les annotations relatives au suivi clinique, ainsi que les résultats des différents tests biologiques et génétiques conduits sur les patients, sont inclus dans une base de données avec accès sécurisé (Annotator). La complétude[1] et la consistance des informations sont vérifiées. Ces annotations clinico-biologiques[2] sont alors re-codées selon des standards internationaux et internes. Ainsi, les analyses peuvent être conduites sur plusieurs projets avec l’assurance de la comparabilité des annotations.
Extraction et qualification des ADN et des ARN
La qualité des ressources biologiques constitue un élément majeur de la reproductibilité des résultats obtenus. Le programme CIT a mis en place une plate-forme dédiée à l’extraction et à la qualification des ARN et des ADN, avec des protocoles validés et standardisés[3], ce qui permet d’optimiser le rendement de la plate-forme, d’implémenter des contrôles qualité de plus en plus fins, et d’améliorer la performance des hybridations ultérieures même en cas de dégradation partielle des échantillons tumoraux.
Les expériences de biopuces
Le programme CIT a fait le choix de technologies commerciales pour réaliser les hybridations sur biopuces, notamment 'Affymetrix GeneChip Arrays' pour l’étude de l’expression des gènes, 'Illumina BeadArrays' pour l’étude des allélotypes, des SNPs et du méthylome, et séquençage de nouvelle génération pour les exomes et miRNAs. Un des points clés du programme CIT est de traiter le plus grand nombre possible d’échantillons sur la même plate-forme technologique avec les mêmes protocoles.
L'expertise biostatistique de CIT
Les données sont ensuite analysées[4] au sein du programme en appliquant des méthodologies de référence de la littérature ou des développements internes innovants[5] implémentés avec le logiciel libre de statistique R. Les études réalisées par CIT ont permis la publication de 90 articles dans des revues internationales[6].
Des collaborations dans toute la France
Bâti sur des réseaux de chercheurs, pathologistes, médecins et bio-informaticiens, le programme implique 60 équipes partenaires[7] et propose une des plus grandes bases de données de tumeurs en Europe, fondée sur un processus standardisé et contenant plus de 10 000 échantillons tumoraux annotés et 14 000 expériences de biopuces.
Des études génomiques sont aussi conduites sur des modèles murins pour certains types de cancer.
Notes et références
- La complétude des informations apportées à Annotator est vérifiée.
- Annotations clinico-biologiques apportées à Annotator.
- Protocoles validés et standardisés
- analysées
- développements internes innovants
- 90 articles dans des revues internationales
- 60 équipes partenaires
Voir aussi
Articles connexes
Liens externes
- Site officiel
- CIT sur le site de la Ligue Nationale contre le Cancer
- CIT sur le site de l'Institut National du Cancer (INCa)
